VMware Fusionで仮想OSを起動するたびにファイルか若干書き換えられ、Time Machineが差分を検知し、バックアップを行います。
仮想ディスクファイルは、おおむね数GBの容量になってしまうので頻繁にバックアップされるのは、ディスクの消耗を考えると抑えたいところではあります。

Time Machineで、VMware Fusionの仮想ディスクファイルの様な特定のファイル、またはフォルダのバックアップを取らないようにするには、「システム環境設定」のTime Machineの項目から設定できます。
設定パネルのオプションのボタンを押して、表示されるダイアログからバックアップを取らないファイル、フォルダを追加できます。

上記では「virtual」というフォルダにVMware Fusionの仮想ディスクを保存して、フォルダごとバックアップを取らないようにしています。