MacOS Xに付属している作業を自動化するためのアプリケーション「Automator」を使うと、複数のPDFファイルを簡単に統合できます。
次の手順でワークフローを組み立てると、初めに統合するためのPDFファイルをダイアログから選択して、統合の処理を自動で行い、デスクトップに「document.pdf」というファイル名で保存します。

そのほかに便利な使い方として、複数の画像ファイルを一つのPDFに変換して統合する場合には、次のような2ステップで行えます。